Le Nue a fait une première victime. Conan et Heiji ne semblent quand même pas croire que ce soit une créature mythique qui a commis un meurtre. Ils doivent donc trouver qui est le véritable assassin. Et il faut faire vite car assez vite une seconde personne semble être victime du Nue.

Plus tard, l’oncle de Sonoko lance un nouveau défi à Kaïto Kid : ouvrir une boîte inviolable dans laquelle se trouverait une pierre de Lune. La propriétaire de la boîte, qui ne sait pas comment l’ouvrir, semblerait, elle, vouloir y récupérer quelque chose de personnel.

Enfin à l’école, les jeunes détectives font la connaissance de leur nouvelle maîtresse et se retrouvent impliqués dans une affaire vieille de 10 ans.